El 8 de Junio fue atacada y tomada Tudela por Lefévbre, con escasa resistencia del vecindario y de los dos bisoños tercios 1° y 2°, El Marqués tuvo que marchar en retirada deteniéndose en Mallén, de cuya posición fue desalojado por los franceses el día 12. Vuelto a Zaragoza por aquellas fuerzas, asistió a la defensa del puente de La Muela y Casablanca (15 de Junio), retirándose a Belchite por ordenes de su hermano José, que dejó encargado el gobierno de la plaza al teniente del Rey Vicente Bustamante. El Marqués volvió a la ciudad la mañana del 18, llevando poderes amplios para que en el gobierno militar y político, fuese reconocido como segundo de su hermano José, a quien debía sustituir en ausencia y enfermedades, este mandato fue recibido y acatado por Real acuerdo y el Ayuntamiento.

Luis Palafox ordenó el 23 de Junio la constitución de la junta de Hacienda, ordenó y presidió el celebre juramento de banderas de la puerta del Carmen el 26, y al día siguiente, mandó prudentes disposiciones para el salvamento de la voladura del Seminario, tomó eficaces medidas para evitar que los franceses intentasen atacar la ciudad aprovechando esta catástrofe, como así sucedió el día 28.
El 1 de Julio comenzó el sitiador un tremendo bombardeo y cañoneo contra las baterías defensoras, el Marqués acudió a todas partes para animar y reforzar los puestos peligrosos. A las 6 de la tarde del mismo día, entraba su hermano José por la puerta del Ángel, trayendo el socorro de 1.300 soldados y 60 caballos, tomando enseguida posesión del mando supremo, cesando en el Luis Palafox, que como segundo, asistió a los combates del día 2 y a la salida del 16 desde el Arrabal. Del 1 al 3 de Agosto tomó oportunas decisiones para el salvamento de los enfermos del Hospital Nª Sª de Gracia, el 4 defendió con tenacidad la cortadura de la calle de Santa Engracia, se retiró por el Coso y puente de Piedra, camino de Osera.

Reunidas en Osera el 5 de Agosto las fuerzas que venían en auxilio de Zaragoza, ascendentes a 5.500 hombres, ordenó Palafox que su hermano el Marqués, con el 3° batallón de Guardias Españolas, un pequeño convoy de víveres y algunos carros de munición regresase a la ciudad, entrando afortunadamente a la una de la tarde. Regularizó los servicios, alojamientos y mantenimiento de las tropas, y sobre todo, al aumentar el numero de heridos, dispuso que se organizasen cuatro nuevos centros de socorro. También, atendió a contener a los franceses en los edificios que ocupaban, y decretó una orden para que los efectos de valor encontrados en los cadáveres franceses fuesen depositados en la casa del General, con pena de muerte a cuantos individuos fuesen cogidos con objetos robados. La junta central y debido a sus meritos lo promovió a teniente general.

Persiguió a los imperiales en su retirada a Navarra acompañado del coronel Obispo el 17 de Agosto, dirigiéndose a Tudela y avanzó hasta Alfaro. En unión del barón de Warsage sostuvo un duro choque con la retaguardia de Lefébvre el 27, teniendo que retirarse a Tudela y regresando poco después a Zaragoza. 
Siendo derrotados los catalanes, la junta central ordenó a Palafox que enviase a cuantas fuerzas pudiese en su socorro, el Marqués de Lazán partió el 8 de Octubre al frente de una división de 5.000 hombres, llevando de jefe al coronel José Obispo. Brillante fue la campaña del Marqués en la Cerdaña y el Ampurdán en auxilio de Gerona, participando también en las acciones de Armentera, Castellón de Ampurias y Tarrasa. Entre tanto, marchaba adelante el 2° sitio de Zaragoza, amenazada de tremenda catástrofe si no era pronta y eficazmente socorrida, la división aragonesa de Lazán fue destinada a prestar el solicitado socorro, pero al llegar a Sariñena, recibió el Marqués la noticia de que Zaragoza había capitulado.

Incorporada esta división al ejército de Aragón y Valencia al mando del general Blake, tomando parte en diferentes acciones en Aragón. Poco después fue nombrado gobernador militar y político de Lérida.
En esta ciudad fue llevado a prisión junto con su hermano Francisco, por la persecución tramada en la junta central y las intrigas de Calvo de Rozas. El Marqués fue absuelto y llamado a Cádiz, de donde ya no salió, fue elegido diputado de las Cortes.
Casó con Maria Gabriela Palafox y Portocarrero, con la cual tuvo dos hijos. Al fallecer su mujer permaneció algunos años en sus posesiones en La Rioja. Restituido el Rey de España, el Marqués, volvió a su casa de Zaragoza, muerto Fernando VII trasladó a Madrid su familia y residencia donde falleció el 28 de Diciembre de 1843. 

*Biografía obtenida del libro "Obelisco Histórico" del general de brigada  M.Salas.