Junto a su División, quedó incorporado en el nuevo Ejército de Reserva que formó Palafox con tropas aragonesas, valencianas y murcianas. El 21 de diciembre de 1808 sostuvo durante varias horas el puesto de Torrero y, cuando se vio forzado a abandonarlo, hizo volar el puente de América, con lo que evitó la persecución de los franceses.
Hacia finales del asedio ostentaba el mando de la defensa en el Coso Bajo. El 25 de enero de 1809 fue ascendido por Palafox a teniente general, lo que no le impidió dirigir personalmente la resistencia a cinco terribles asaltos franceses. El 19 de febrero, con Palafox y O´Neille fuera de combate, se ocupó del mando de las tropas.

Dos días más tarde se reunió la Junta en la que pronunció la frase de "¡Con la espada  y las bayonetas!". Sólo encontró apoyo en Antonio Torres, Zaragoza acabó capitulando esa misma noche.