Cuando el 20 de julio de1807 la "Antiquísima Cofradía del Patriarca San Joaquín de Mercaderes Comerciantes de la Ciudad de Zaragoza" celebra su Capítulo General, en el que saldría elegido Don Felipe Sanclemente como Mayordomo Segundo, lejos estaban de adivinar que no volverían a celebrar Capítulo hasta el 6 de junio de 1814. La Guerra de la Independencia iba a paralizar cualquier actividad de esta cofradía, que desde su fundación en el Convento de Santo Domingo en el siglo XVI ha ido al compás de la historia de la ciudad.

Las noticias del levantamiento contra los franceses en Madrid el 2 de mayo de 1808 se conocieron inmediatamente en Zaragoza, ciudad que, como todos sabemos, posteriormente sufrió dos asedios por el ejercito de Napoleón. El primero entre el 15 de junio y el 13 de agosto de 1808, y el segundo, más san­griento y devastador, entre el 30 de noviembre de 1808 y el 21 de febrero de 1809, que concluiría con la rendición de la ciudad después de que la artillería francesa la hubiera convertido en ruinas. Los franceses abandonaron la ciudad el 2 de agosto de 1813 y la paz entre Francia y España se firmó el 14 de abril de 1814.

Felipe Sanclemente , comerciante natural de Barbastro, donde nació en 1758, es considerado uno de los Héroes de los Sitios de Zaragoza pues el propio General Palafox hizo mucha estimación de este lanzado personaje que, aun perteneciendo al mundo de los negocios, y ya en edad avanzada (50 años), lo abandonó todo para acudir con su persona y sus bienes en defensa de la amenazada ciudad. Tomo parte activa en la lucha, especialmente el día 4 de agosto de 1808, rechazando la acometida de los enemigos hacia los jardines del Palacio Fuentes, en la misma raya del Coso Bajo. Herido gravemente, no pudo tomar parte activa en el segundo sitio, resultando invalido a consecuencia de aquellas heridas. El final de la guerra no fue para Don Felipe un final feliz, al quedar lisiado y sin bienes de fortuna. El clamor popular asignó para él la administración de aduanas.

Sanclemente ya había sido elegido Mayordomo de la Hermandad de San Joaquín en 1801, ante lo cual "dio muchas gracias al Capítulo por haberle tenido presente para tan honorífico cargo, pero sentía el no poder admitir por ciertas causas y motivos y renunciando como renuncio al nombramiento y cargo se ofreció puntual y gustoso a pagar como pagó la libra de cera que se halla impuesta como multa", (acta de la Hermandad del 20 de julio de 1801).

Como decíamos, es el 6 junio de 1814 cuando la Cofradía de San Joaquín retoma el pulso de los acontecimientos tras la guerra, celebrando una reunión en casa del Mayordomo Segundo "Don Felipe Sanclemente y Romeu por hallarse imposibilitado a resultas de un balazo que recibió en uno de los asedios de esta Augusta ciudad". Según dan fe las actas de la Hermandad.
El motivo principal de esta reunión en casa de Sanclemente era la búsqueda de medios para "reparar la cofradía", y especialmente el retablo y la capilla del Santo Patriarca, que habían quedado deterioradas al haber sido usado el Convento de Santo Domingo como cuartel y almacén de las tropas francesas durante los sitios de la ciudad. De este modo se determinó cobrar a los cofrades, que accedieron voluntariamente, las miajas de los seis años que habían estado sin cobrarse, dado "el deplorable estado en que se hallaba la cofradía".

Para ello, se mandó una esquela a cada hermano en la que se le pedía la voluntad de 24 reales. El 22 de agosto de 1814 tuvo lugar el Capítulo General en el cual Don Felipe Sanclemente, Héroe de los Sitios de Zaragoza, era nombrado Mayordomo Primero de la cofradía. Posteriormente "se pasó a tratar sobre la súplica hecha a la Hermandad por el reverendo Padre Superior y Comunidad del Convento de Santo Domingo dirigida a que atendiéramos la necesidad en que se hallaba el convento para acudir a los muchos reparos que forzosamente en él se ofrecían, especialmente el pavimento de la iglesia, desnudo totalmente, y hubiese a bien la Hermandad costear por si todo el pavimento del frente de la capilla hasta las columnas". El coste ascendía entre 28 y 30 duros y el Capítulo acordó entregar a la mayor prontitud 32 duros.

Pero la Guerra de la Independencia supuso un lastre para la Hermandad, que hasta 1897 no volvería a adquirir esplendor. A lo largo de todo el siglo XIX cada vez es menor la asistencia a los actos, la escasez de fondos es evidente y no aumenta el patrimonio en ningún objeto o bien material. De hecho entre 1838 y 1897 no se tiene constancia de ninguna actividad, siendo la última noticia una esquela fechada el 17 de febrero de 1838 que decía: "Los Mayordomos de la Cofradía de San Joaquín, avisan a V. a Junta General de la Cofradía para tratar de colocar el santo y el altar en la Parroquia de San Pablo, a quien han pedido y conseguido el permiso necesario, pues de no colocarlo, se perderá un valioso altar que costó muchos miles a nuestros antepasados. Y suplican su asistencia a junta el domingo 18 de los corrientes a las 10 de la mañana en las Escuelas Pías. Sin excusa.

Concluimos la relación de la Hermandad de San Joaquín con el recuerdo de Los Sitios de Zaragoza, con un dato más de como esta Hermandad se ha movido al paso de la ciudad. Alfonso XIII estuvo en Zaragoza  el 14 de junio de 1908 para celebrar el I Centenario de los Sitios y asistir en el templo del Pilar a las honras fúnebres en memoria de las Heroínas, presidiendo por la tarde la procesión del traslado de los restos mortales de   Agustina de Aragón, Manuela  Sancho  y  Casta Álvarez   a  la    Iglesia  del  Portillo, donde quedaron  inhumados en la Capilla de las Heroínas. En acta de la Hermandad del 27 de abril1908 se exponía haber recibido "oficio solicitando el paño mortuorio de la Hermandad para cubrir con él las carrozas en donde serán transportados los  restos  de  Agustina de Aragón en la solemne procesión cívica del Centenario de Los Sitios...grandísimo   honor para la Hermandad por tratarse de un acto altamente  simpático y lleno de patriotismo".

     Las noticias del levantamiento contra los franceses en Madrid el 2 de Mayo de 1808 se conocieron inmediatamente en Zaragoza, donde los labradores (corno el Tío Jorge, comerciante como Felipe Sanclemente, algún noble como el Conde de Sastago, militares y miembros de la burguesía ciudadana comenzaron a prepara la oposición a Francia y a los "afrancesados" bajo el mando de un brigadier recién llegado a la ciudad. José Rebolledo de Palafox. nombrado Capitán General el 26 de mayo.

     La sublevación de Zaragoza afectaba gravemente al ejército francés por la gran importancia estratégica de la ciudad, pero además tuvo gran resonancia política. La sublevación de la capital marcó la extensión de la revuelta por el Reino y el apoyo inmediato a la capital, a la que acudieron para defenderla voluntarios de todo Aragón.  De esta forma, Zaragoza se convirtió rápidamente en centro y símbolo de la resistencia contra los franceses, y un obstáculo ante el dominio del todo el norte de España.

     Este es el origen  de los dos asedios o Sitios de Zaragoza. El primero duró dos meses (del 15 de junio al 13 de agosto de 1808) ; el segundo,
más sangriento y devastador, casi tres (del 30 de noviembre de 1808 al 21 de febrero de 1809) y concluiría con la rendición de la ciudad después de que la artillería francesa la hubiera convertido casi en ruinas. Los zaragozanos habían defendido casa a casa, mientras que los dinamiteros franceses volaban amplios sectores de la ciudad desplazándose por túneles bajo tierra.

     De esta forma fue destruido el Convento de San Francisco, sede de la Sangre de Cristo, situado en lo que hoy día es la Diputación Provincial de Zaragoza, quedando destruidos todos los pasos de Semana Santa, salvo el Cristo de la Cama que fue recuperado de su capilla y trasladado a el Pilar, recibiendo  durante el recorrido un balazo. Esto aconteció el 17 de febrero de 1809.

     Los franceses abandonaron la ciudad el 2 de agosto de 1813 y la paz se firmó el 14 de abril de 1814. Terminaba así la guerra y como testimonio una ciudad maternalmente destruida.
Hasta el 6 de junio de 1814 no se celebró junta, que se reunió en casa del Mayordomo Segundo "Don Felipe Sanclemente y Romeu por hallarse imposibilitado a resultas de un balazo que recibió en una de los asedios de esta Augusta ciudad".
El motivo principal de la reunión fue el reflexionar sobre los medios para "reparar la Cofradía". y especialmente el retablo y la Capilla del Santo Patriarca, que habían quedado deterioradas  al haber sido usado el Convento de Santo Domingo como cuartel y almacén de las tropas francesas durante Los Sitios de Zaragoza.

     De este modo se determinó cobrar a los hermanos cofrades , que accedieran voluntariamente, las miajas de los seis años que habían estado sin percibirse, exponiendo claramente "el deplorable estado que se hallaba la Cofradía". para ello se mandó una esquela a cada Hermano en la que se les pedía la voluntad de 24 reales. El 22 de agosto de4 1814 tuvo lugar el Capítulo General en el cual D. Felipe Sanclemente, héroe de Los Sitios de Zaragoza, era nombrado Mayordomo Primero de la Cofradía.

     Acto segundo "se pasó a tratar sobre la súplica hecha a la Hermandad por el reverendo Padre Superior y Comunidad del convento de Santo Domingo dirigida a que atendiéramos la necesidad en que se hallaba el convento para acudir a lo muchos reparos que forzosamente en él se les ofrecía, especialmente el pavimento de la Iglesia, desnudo totalmente, y hubiese a bien la Hermandad costear por sí todo el pavimento del frente de la Capilla hasta las columnas". El coste ascendía a 28 ó 30 duros y se  acordó entregar a la mayor prontitud 32 duros. Fue la última acta que redacto D. Diego Pargada, secretario de la Hermandad en los últimos 20 años.

     Entrados ya en 1815 se envía una nueva circular a todos los hermanos: "La Junta de a Cofradía de Patriarca San Joaquín, fundada en el Convento de Santo Domingo de esta ciudad hace a V. saber: Que la esquela que pasó a todos los hermanos para que contribuyeren con 24 reales de vellón para cubrir el débito de la Hermandad, los han satisfecho los Señores expresados al reverso; que una mano piadosa depositó en las del Mayordomo la limosna de 2.000 reales de vellón con destino a la Cofradía que en su virtud ha determinado se cante el domingo 2 de Julio a las 10 de la mañana Misa al Santo Patriarca en su altar, suplicando la salud espiritual y temporal del bienhechor. Con tal justo motivo suplico a V. su asistencia,  que una su súplica; a las del celebrante, de que recibirá favor".

     En esta junta se informa que al recoger los papeles del difunto secretario D. Diego Purgada es cuando aparecieron "dos escrituras  comidas por los  ratones por los cantos, con las Asignaciones y Cesión de la Capilla del Santo Patriarca San Joaquín y demás anexos otorgada por los muy reverendos padres Prior y Religiosos del Convento de Santo Domingo". Estas escrituras están fechadas el 6 de octubre de 1711 y todavía se conservan en el archivo, como se hizo mención dos capitulos atrás. Se resolvió que se copiaran en el libro de Actas para evitar extravíos.

     Pero la guerra de la Independencia supuso un lastre para la Hermandad y esto se refleja en la asistencia a las Fiestas y a los Capítulos, como queda plasmado en las Actas. En 1818 se intenta conciliar asistencia de los cofrades a la Fiesta Principal con sus intereses y ocupaciones ante el abuso que se observa en no guardar fiesta el día del Santo, por lo que se solicita tratar con la Comunidad de Santo Domingo y con el Sr. Arzobispo la traslación de la Fiesta al primer domingo después del 19 de julio.

     Económicamente también se nota la escasez de fondos por lo que se acuerda en 1819 disminuir en una libra jaquesa el sueldo del Llamador y en 300 reales de vellón el sueldo del Secretario. A partir de 1820 las Actas son cada vez más escuetas, limitándose a la renovación de  los Mayordomos.
En 1821 se permite celebrar la Fiesta de San Joaquín en domingo para que pudieran acudir todos los Hermanos. En este mismo año se decide facilitar  la entrada de  nuevos cofrades reduciendo el pago del ingreso a 20 reales de vellón.

     En 1825 se decide comenzar a ahorrar en el capítulo de velas y se le encarga al Llamador que recoja del altar  las 6 velas que se utilizan en la Fiesta Principal para su iluminación al año que viene. Igualmente se resolvió  que, en adelante, a todos los Mayordomos " se les expidan gratuitamente dos cartillas para que, distribuyéndolas a los sujetos que merezcan su confianza, aumente el número de cofrades y proporcionen de este modo mayores fondos con que cubrir la necesidades de la Cofradía".

     En 1826 se comunica que la Cofradía se ha quedado sin hachas para asistir a los entierros de los hermanos difuntos, lo que supone " un grave perjuicio a los ya pocos averes" que ese momento tenía la cofradía. Se dispone que se hagan 4 y encargar dos más cuando se tengan medios.
En 1832 se vuelve a rebajar el sueldo al Llamador y al Secretario. La crisis era patente.

     El 2de Septiembre de 1834 se escribe- la última acta con la siguiente nota:
"Con motivos de la gran dificultad que se observa de algunos años a esta parte por los Cofrades para la admisión del Mayordomo de esta Hermandad, excusándose a ello con frívolos pretextos, y valiéndose ante los ss. de la junta de varios métodos decorosos a fin de que algunos admitiesen otro cargo y siendo infructuosas cuantas diligencias se practicaban, se determino...pudiese hacerse el nombramiento de Mayordomo a los Hermanos espirituales".
Hasta 1897 no se volvera a tener noticias en el libro de Actas. Solamente en este intervalo se tiene constancia de una esquela fechada el 17 de febrero de 1838 que decía: Los Mayordomos de la Cofradía de San Joaquín, avisan a V. a Junta General de la Cofradía para tratar de colocar el santo y el altar en la Parroquia de San Pablo, a quien han pedido y conseguido el permiso necesario, pues de no colocarlo, se perderá un valioso altar que costo muchos miles a nuestros antepasados. V suplican su asistencia a junta el domingo 18 de los corrientes a las 10 de la mañana en las Escuelas Pías. Sin excusa.