El Palacio Episcopal fue durante gran parte de los asedios, Cuartel General de Palafox. Cita Casamayor, el 27 de julio, .. el Excmo. Sr. Capitán General mudó su domicilio de su casa al Palacio Arzobispal por estar allí con más comodidad y poder tener dentro de él todas las oficinas, pues en la suya aunque grande, no era posible, estando repartidas por todo el vecindario.
Desde las partes altas, magnífica atalaya frente al Ebro, Palafox podía seguir con todo detalle la suerte de su avanzada fortificada en el Arrabal, verdadera punta de lanza contra el empuje del General Gazán, que habiendo cruzado el Ebro aguas arriba, cerraba por allí la tenaza.
Y así pudo desbaratar la acción del 21 de Diciembre, en la que a punto estuvieron los franceses de hundir toda la línea aragonesa, de no ser porque Palafox personalmente, viendo desde la terraza de este Palacio Arzobispal, lo muy apurado y urgente del momento, reuniendo unas fuerzas de Caballería que se hallaban a la espera en la misma Plaza de La Seo, cargó Puente adelante, restableciendo la moral y conjugando el peligro.
En las horas difíciles, cerca ya del fin, Palafox postrado a causa del agravamiento de su enfermedad, estuvo retirado y oculto en los sótanos de este mismo edificio, antes de ser penosamente conducido a la casa de la calle Predicadores ya mencionada, al derrumbarse todo el frente del Arrabal (el 18 de febrero, tres días antes de la Capitulación).
En los Archivos Diocesanos encontramos un testimonio excepcional: de los muchos fardos, ligámenes y paquetes de documentos y legajos que llegaron a emplearse como ladrillos improvisados con los que restablecer los parapetos destrozados por la metralla de los cañones del Arrabal, se ha conservado uno en cuya vetusta etiqueta puede leerse: Son de los Registros qe. sufrieron valazos y estravío con motivo de la Guerra de la Independencia…
El propio archivero, D. Agustín Gil, cuenta que en el transcurso normal de su labor de reclasificación, se ha encontrado con cierta frecuencia con pliegos perforados por las balas e incluso manchados de sangre aragonesa (GIL DOMINGO, A. Reseña histórica del Archivo Diocesano de Zaragoza, Aragonia Sacra, Vol. 1, 1986. Ed. Comisión Regional de Patrimonio Cultural de la Iglesia en Aragón, Delegación Arzobispado, Zaragoza, 1986).
Palafox, parroquiano de La Seo por nacimiento, fue bautizado en esta Catedral. De hecho, su puerta trasera -la del Museo de Tapices- da a la calle Palafox, frente a la casa del General. En su Archivo Parroquial, cuidadosamente guardada en el tomo IX, página 522, encontramos la partida de Bautismo del Caudillo de los Sitios. En ella puede leerse:
En la Parroquial de la Santa Metropolitana Iglesia de La Seo de / Zaragoza, día veinte y ocho de octubre de el año de / mil setecientos setenta y cinco, yo, don Guillermo / Fernández de la Heras, vicario perpetuo de ella, bauticé / solemnemente a don Joseph, Simón, Judas Thadeo, / Mariano, Joaquín, Juan, Felipe, Bernabé, Gaspar, Bal- / tasar, Melchor, Matheo, Camilo, Antonio … «, y así hasta un total de 44 nombres, tras los cuales y por si aún fuera poco, se termina con, …. y todos los santos, que nació dicho día a / las nueve de la mañana, hijo de los muy ilustres señores, / don Juan Felipe Revolledo, de Palafox, Bermúdez de / Castro …. natural de Zaragoza, y de doña Paula de / Melci y Eril, dama de la noble y distinguida orden / de la Cruz Estrellada en el Imperio de Alemania … / natural del burgo de Abiategraso, diócesis de Milán, / cónyuges parroquianos de La Seo, marqueses de Lazán, Cañizar, Navarrés y San Felices …(se termina citando a los abuelos paternos y maternos, al padrino -un carmelita descalzo- y con la despedida de rigor, permiso del Arzobispo y firma del Lizenciado).
Resulta sorprendente que varias prestigiosas Enciclopedias, nacionales y extranjeras, den como fecha de nacimiento 1776; incluso una de ellas -de gran renombre- la cita como incierta (además de equivocada) pues dice «.. por el año 1774». En cuanto al origen de su padre, el propio Palafox en su «Autobiografía» se refiere a él como natural de »Corella en el reino de Navarra».